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目前绝大多数乡镇卫生院能开展国家要求的基本公共卫生服务工作，但是受制于设备、人员、自动化程度的限制，普遍存在以下问题：

1，全民建档，人口众多，手工建档，工作繁琐。

2，接受体检及随访人数多，没有轻便设备携带，手工记录工作人员劳动强度大。

3，查体过程中虽然采用了全自动的体检设备，但是每个环节相互独立。数据不能统一整合，检测过程反复、等待时间长。

4，受到设备和流程的影响，乡镇卫生院一年中大多数时间服务于公共卫生。甚至有的乡镇卫生院一年到头都在为基础公共卫生忙碌。效率低下，且限制了其他诊疗服务的能力。

5，建档、体检及随访时，手工填写纸质档案，手工录入电子档案，繁琐、强度大、速度慢、容易出错。

6，有些实现蓝牙传输检测，只能一人全项检查完后才能检查下一人，时间长，效率低。

7，社区健康小屋与国家基本公共卫生检测数据互相独立。

8，工作人员少，劳动强度高，偏远地区情况严重，档案不客观不真实。